הלימודים לתואר נמשכים שבעה סמסטרים של לימודים בבית הספר (הרצאות, מעבדות, סדנאות וסמינריונים) ושישה חודשים של התמחות המעשית (סטאז'). תוכנית הלימודים מקיפה את כל תחומי הידע העיקריים במדעי הטבע, החיים, הרפואה והרוקחות.
שנת הלימודים הראשונה כוללת בעיקר לימודים בסיסיים בתחום: כימיה, ביולוגיה, מתמטיקה, פיסיקה, אנטומיה, וסטטיסטיקה. מהשנה השנייה ואילך נלמדים מקצועות הרפואה והרוקחות כולל רוקחות קלינית, תכנון תרופות, פרמקוקינטיקה, כימיה אורגנית, כימיה תרופתית, פרמקולוגיה, מיקרוביולוגיה, מינהל רוקחי ותהליכי מחלה. ההתמחות, המהווה חלק אינטגרלי מתוכנית הלימודים לתואר בוגר ברוקחות, מתבצעת במוסדות רפואה ורוקחות מוכרים על ידי בית הספר ומשרד הבריאות. בגמר הלימודים וההתמחות מקבל התלמיד תואר בוגר ברוקחות (B.Sc.Pharm.).
בוגרי ביה"ס משתלבים בבתי מרקחת קהילתיים, פרטיים ומוסדיים, בבתי חולים, בתעשיית התרופות, בתעשיות הביולוגיות והכימיות, בחברות ביוטכנולוגיה, במינהל הרוקחי ובמוסדות מדע ומחקר בארץ ובחו"ל.
לימודי הרוקחות כוללים בתוכם שלושה נושאים עיקריים:
כימיה תרופתית – סינתזה ובידוד של חומרים חדשים בעלי פעילות ביולוגית, תכנון ממוחשב של תרופות חדשות וניתוח מנגנוני פעילות ביולוגית של חומרים ועוד.
מדעי הרוקחות – פיתוח גישות חדשות למתן וביות תרופות (Drug Delivery), מחקר פרמקוקינטי ופרמקודינמי קליני ופרה-קליני, תרפיה גנטית, פיתוח חדשני של תרופות וכן מחקר ברוקחות קלינית.
פרמקולוגיה – חקירת מנגנוני פעילות של תרופות, חקר תהליכי הזדקנות, מנגנוני אלרגיה ומחלות כגון סרטן, אלצהיימר, ניוון עצבי, נזק מוחי, סוכרת והתמכרויות לסמים ואלכוהול ופיתוח תרופות חדשות לפתולוגיות אלה.
מחקר בינתחומי לפיתוח תרופות, החל מחיזוי ותכנון תרופתי, דרך סינתזה כימית, בחינה פרמקולוגית וטוקסיקולוגית של התרופה המוצעת וכלה בבחירת דרכי מתן אופטימאליים לתרופה ועקיבה אחר סילוקה מהגוף.